Classificazione delle sequenze di DNA

Questo tutorial mostra come utilizzare Milvus, il database vettoriale open-source, per costruire un modello di classificazione delle sequenze di DNA.

Il modello ML e i software di terze parti utilizzati includono:

• CountVectorizer
• MySQL
• Towhee

La sequenza del DNA è un concetto popolare nella tracciabilità dei geni, nell'identificazione delle specie, nella diagnosi delle malattie e in molti altri settori. Mentre tutti i settori industriali sono alla ricerca di un metodo di ricerca più intelligente ed efficiente, l'intelligenza artificiale ha attirato molta attenzione soprattutto nei settori biologici e medici. Sempre più scienziati e ricercatori contribuiscono all'apprendimento automatico e all'apprendimento profondo nel campo della bioinformatica. Per rendere i risultati sperimentali più convincenti, un'opzione comune è quella di aumentare la dimensione del campione. La collaborazione con i big data in genomica offre maggiori possibilità di applicazione nella realtà. Tuttavia, l'allineamento tradizionale delle sequenze ha dei limiti che lo rendono inadatto a grandi insiemi di dati. Per ridurre i compromessi, la vettorizzazione è una buona scelta per i grandi insiemi di sequenze di DNA.

In questa esercitazione imparerete a costruire un modello di classificazione delle sequenze di DNA. Questa esercitazione utilizza CountVectorizer per estrarre le caratteristiche delle sequenze di DNA e convertirle in vettori. Poi, questi vettori vengono memorizzati in Milvus e le corrispondenti classi di DNA vengono memorizzate in MySQL. Gli utenti possono effettuare una ricerca di similarità vettoriale in Milvus e richiamare la classificazione del DNA corrispondente da MySQL.

dna