Visualizzazione dei vettori

In questo esempio mostreremo come visualizzare le incorporazioni (vettori) in Milvus utilizzando t-SNE.

Le tecniche di riduzione della dimensionalità, come t-SNE, sono preziose per visualizzare dati complessi e altamente dimensionali in uno spazio 2D o 3D, preservando la struttura locale. Ciò consente il riconoscimento dei modelli, migliora la comprensione delle relazioni tra le caratteristiche e facilita l'interpretazione dei risultati dei modelli di apprendimento automatico. Inoltre, aiuta a valutare gli algoritmi confrontando visivamente i risultati del clustering, semplifica la presentazione dei dati a un pubblico non specializzato e può ridurre i costi computazionali lavorando con rappresentazioni a bassa dimensione. Grazie a queste applicazioni, t-SNE non solo aiuta a ottenere una visione più approfondita dei set di dati, ma supporta anche processi decisionali più informati.

Preparazione

Dipendenze e ambiente

$ pip install --upgrade pymilvus openai requests tqdm matplotlib seaborn

In questo esempio utilizzeremo il modello di embedding di OpenAI. È necessario preparare la chiave api OPENAI_API_KEY come variabile d'ambiente.

import os

os.environ["OPENAI_API_KEY"] = "sk-***********"

Preparare i dati

Utilizziamo le pagine delle FAQ della Documentazione Milvus 2.4.x come conoscenza privata nel nostro RAG, che è una buona fonte di dati per una semplice pipeline RAG.

Scaricare il file zip ed estrarre i documenti nella cartella milvus_docs.

$ wget https://github.com/milvus-io/milvus-docs/releases/download/v2.4.6-preview/milvus_docs_2.4.x_en.zip
$ unzip -q milvus_docs_2.4.x_en.zip -d milvus_docs

Carichiamo tutti i file markdown dalla cartella milvus_docs/en/faq. Per ogni documento, usiamo semplicemente "# " per separare il contenuto del file, che può separare approssimativamente il contenuto di ogni parte principale del file markdown.

from glob import glob

text_lines = []

for file_path in glob("milvus_docs/en/faq/*.md", recursive=True):
    with open(file_path, "r") as file:
        file_text = file.read()

    text_lines += file_text.split("# ")

Preparare il modello di incorporamento

Inizializziamo il client OpenAI per preparare il modello di incorporamento.

from openai import OpenAI

openai_client = OpenAI()

Definire una funzione per generare embedding di testo utilizzando il client OpenAI. Utilizziamo il modello text-embedding-3-large come esempio.

def emb_text(text):
    return (
        openai_client.embeddings.create(input=text, model="text-embedding-3-large")
        .data[0]
        .embedding
    )

Generare un embedding di prova e stamparne la dimensione e i primi elementi.

test_embedding = emb_text("This is a test")
embedding_dim = len(test_embedding)
print(embedding_dim)
print(test_embedding[:10])

3072
[-0.015370666049420834, 0.00234124343842268, -0.01011690590530634, 0.044725317507982254, -0.017235849052667618, -0.02880779094994068, -0.026678944006562233, 0.06816216558218002, -0.011376636102795601, 0.021659553050994873]

Caricare i dati in Milvus

Creare la collezione

from pymilvus import MilvusClient

milvus_client = MilvusClient(uri="./milvus_demo.db")

collection_name = "my_rag_collection"

Verificare se la raccolta esiste già e, in caso affermativo, eliminarla.

if milvus_client.has_collection(collection_name):
    milvus_client.drop_collection(collection_name)

Creare una nuova raccolta con i parametri specificati.

Se non si specifica alcun campo, Milvus creerà automaticamente un campo predefinito id per la chiave primaria e un campo vector per memorizzare i dati vettoriali. Un campo JSON riservato viene utilizzato per memorizzare campi non definiti da schemi e i loro valori.

milvus_client.create_collection(
    collection_name=collection_name,
    dimension=embedding_dim,
    metric_type="IP",  # Inner product distance
    consistency_level="Strong",  # Strong consistency level
)

Inserire i dati

Si intersecano le righe di testo, si creano le incorporazioni e si inseriscono i dati in Milvus.

Ecco un nuovo campo text, che è un campo non definito nello schema della collezione. Verrà aggiunto automaticamente al campo dinamico JSON riservato, che può essere trattato come un campo normale ad alto livello.

from tqdm import tqdm

data = []

for i, line in enumerate(tqdm(text_lines, desc="Creating embeddings")):
    data.append({"id": i, "vector": emb_text(line), "text": line})

milvus_client.insert(collection_name=collection_name, data=data)

Creating embeddings: 100%|██████████| 72/72 [00:20<00:00,  3.60it/s]





{'insert_count': 72, 'ids': [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71], 'cost': 0}

Visualizzazione degli embeddings nella ricerca vettoriale

In questa sezione, eseguiamo una ricerca vettoriale e poi visualizziamo insieme il vettore della query e il vettore recuperato in una dimensione ridotta.

Recuperare i dati per un'interrogazione

Prepariamo una domanda per la ricerca.

# Modify the question to test it with your own query!

question = "How is data stored in Milvus?"

Cerchiamo la domanda nella raccolta e recuperiamo le prime 10 corrispondenze semantiche.

search_res = milvus_client.search(
    collection_name=collection_name,
    data=[
        emb_text(question)
    ],  # Use the `emb_text` function to convert the question to an embedding vector
    limit=10,  # Return top 10 results
    search_params={"metric_type": "IP", "params": {}},  # Inner product distance
    output_fields=["text"],  # Return the text field
)

Diamo un'occhiata ai risultati della ricerca della domanda

import json

retrieved_lines_with_distances = [
    (res["entity"]["text"], res["distance"]) for res in search_res[0]
]
print(json.dumps(retrieved_lines_with_distances, indent=4))

[
    [
        " Where does Milvus store data?\n\nMilvus deals with two types of data, inserted data and metadata. \n\nInserted data, including vector data, scalar data, and collection-specific schema, are stored in persistent storage as incremental log. Milvus supports multiple object storage backends, including [MinIO](https://min.io/), [AWS S3](https://aws.amazon.com/s3/?nc1=h_ls), [Google Cloud Storage](https://cloud.google.com/storage?hl=en#object-storage-for-companies-of-all-sizes) (GCS), [Azure Blob Storage](https://azure.microsoft.com/en-us/products/storage/blobs), [Alibaba Cloud OSS](https://www.alibabacloud.com/product/object-storage-service), and [Tencent Cloud Object Storage](https://www.tencentcloud.com/products/cos) (COS).\n\nMetadata are generated within Milvus. Each Milvus module has its own metadata that are stored in etcd.\n\n###",
        0.7675539255142212
    ],
    [
        "How does Milvus handle vector data types and precision?\n\nMilvus supports Binary, Float32, Float16, and BFloat16 vector types.\n\n- Binary vectors: Store binary data as sequences of 0s and 1s, used in image processing and information retrieval.\n- Float32 vectors: Default storage with a precision of about 7 decimal digits. Even Float64 values are stored with Float32 precision, leading to potential precision loss upon retrieval.\n- Float16 and BFloat16 vectors: Offer reduced precision and memory usage. Float16 is suitable for applications with limited bandwidth and storage, while BFloat16 balances range and efficiency, commonly used in deep learning to reduce computational requirements without significantly impacting accuracy.\n\n###",
        0.6210848689079285
    ],
    [
        "Does the query perform in memory? What are incremental data and historical data?\n\nYes. When a query request comes, Milvus searches both incremental data and historical data by loading them into memory. Incremental data are in the growing segments, which are buffered in memory before they reach the threshold to be persisted in storage engine, while historical data are from the sealed segments that are stored in the object storage. Incremental data and historical data together constitute the whole dataset to search.\n\n###",
        0.585393488407135
    ],
    [
        "Why is there no vector data in etcd?\n\netcd stores Milvus module metadata; MinIO stores entities.\n\n###",
        0.579704999923706
    ],
    [
        "How does Milvus flush data?\n\nMilvus returns success when inserted data are loaded to the message queue. However, the data are not yet flushed to the disk. Then Milvus' data node writes the data in the message queue to persistent storage as incremental logs. If `flush()` is called, the data node is forced to write all data in the message queue to persistent storage immediately.\n\n###",
        0.5777501463890076
    ],
    [
        "What is the maximum dataset size Milvus can handle?\n\n  \nTheoretically, the maximum dataset size Milvus can handle is determined by the hardware it is run on, specifically system memory and storage:\n\n- Milvus loads all specified collections and partitions into memory before running queries. Therefore, memory size determines the maximum amount of data Milvus can query.\n- When new entities and and collection-related schema (currently only MinIO is supported for data persistence) are added to Milvus, system storage determines the maximum allowable size of inserted data.\n\n###",
        0.5655910968780518
    ],
    [
        "Does Milvus support inserting and searching data simultaneously?\n\nYes. Insert operations and query operations are handled by two separate modules that are mutually independent. From the client\u2019s perspective, an insert operation is complete when the inserted data enters the message queue. However, inserted data are unsearchable until they are loaded to the query node. If the segment size does not reach the index-building threshold (512 MB by default), Milvus resorts to brute-force search and query performance may be diminished.\n\n###",
        0.5618637204170227
    ],
    [
        "What data types does Milvus support on the primary key field?\n\nIn current release, Milvus supports both INT64 and string.\n\n###",
        0.5561620593070984
    ],
    [
        "Is Milvus available for concurrent search?\n\nYes. For queries on the same collection, Milvus concurrently searches the incremental and historical data. However, queries on different collections are conducted in series. Whereas the historical data can be an extremely huge dataset, searches on the historical data are relatively more time-consuming and essentially performed in series.\n\n###",
        0.529681921005249
    ],
    [
        "Can vectors with duplicate primary keys be inserted into Milvus?\n\nYes. Milvus does not check if vector primary keys are duplicates.\n\n###",
        0.528809666633606
    ]
]

Riduzione della dimensionalità a 2-d tramite t-SNE

Riduciamo la dimensione delle incorporazioni a 2-d mediante t-SNE. Utilizzeremo la libreria sklearn per eseguire la trasformazione t-SNE.

import pandas as pd
import numpy as np
from sklearn.manifold import TSNE

data.append({"id": len(data), "vector": emb_text(question), "text": question})
embeddings = []
for gp in data:
    embeddings.append(gp["vector"])

X = np.array(embeddings, dtype=np.float32)
tsne = TSNE(random_state=0, max_iter=1000)
tsne_results = tsne.fit_transform(X)

df_tsne = pd.DataFrame(tsne_results, columns=["TSNE1", "TSNE2"])
df_tsne

Visualizzazione dei risultati della ricerca Milvus su un piano 2d

Il vettore di interrogazione è rappresentato in verde, i vettori recuperati in rosso e i vettori rimanenti in blu.

import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns

# Extract similar ids from search results
similar_ids = [gp["id"] for gp in search_res[0]]

df_norm = df_tsne[:-1]

df_query = pd.DataFrame(df_tsne.iloc[-1]).T

# Filter points based on similar ids
similar_points = df_tsne[df_tsne.index.isin(similar_ids)]

# Create the plot
fig, ax = plt.subplots(figsize=(8, 6))  # Set figsize

# Set the style of the plot
sns.set_style("darkgrid", {"grid.color": ".6", "grid.linestyle": ":"})

# Plot all points in blue
sns.scatterplot(
    data=df_tsne, x="TSNE1", y="TSNE2", color="blue", label="All knowledge", ax=ax
)

# Overlay similar points in red
sns.scatterplot(
    data=similar_points,
    x="TSNE1",
    y="TSNE2",
    color="red",
    label="Similar knowledge",
    ax=ax,
)

sns.scatterplot(
    data=df_query, x="TSNE1", y="TSNE2", color="green", label="Query", ax=ax
)

# Set plot titles and labels
plt.title("Scatter plot of knowledge using t-SNE")
plt.xlabel("TSNE1")
plt.ylabel("TSNE2")

# Set axis to be equal
plt.axis("equal")

# Display the legend
plt.legend()

# Show the plot
plt.show()

png

Come si può notare, il vettore di interrogazione è vicino ai vettori recuperati. Sebbene i vettori recuperati non rientrino in un cerchio standard con raggio fisso centrato sull'interrogazione, possiamo notare che sono comunque molto vicini al vettore dell'interrogazione sul piano 2D.

L'uso di tecniche di riduzione della dimensionalità può facilitare la comprensione dei vettori e la risoluzione dei problemi. Spero che questa esercitazione vi permetta di comprendere meglio i vettori.